در دوران جهاد افغاني ها عليه شوروي ، كمكهاي مالي و نظامي غرب و آمريكا از طريق سازمان اطلاعات ارتش پاكستان ISI  در اختيار مجاهدين قرار ميگرفت و نقش اصلي را در اين مورد ، رئيس اين سازمان ژنرال اختر عبدالرحمن از نزديكان ضياء الحق بر عهده داشت و آمريكا را متقاعد كرد سلاح هاي پيشرفته اي همچون موشك هاي استينگر به مجاهدين بدهد.

تا قبل از ظهور طالبان ، سياست ISI حمايت از غلجايي ها به رهبري حكمتيار بود . زماني كه به اين نتيجه رسيدند كه حكمتيار و ژنرال دوستم قادر به سرنگونگي حكومت رباني نيستند و طالبان تنها آلترناتيو ممكن براي تامين منافع استراتژيك پاكستان در افغانستان هستند ، تغيير جهت عمده آنها از حكمتيار به طرف طالبان آغاز شد .

به نظر برخي محققين ، شبكه پشتوني در فرماندهي عالي ارتش پاكستان  ISI  نقش تعيين كننده اي در اين تغيير جهت ايفا نموده است . ( ژنرال عبدالوحيد فرمانده كل ارتش و ژنرال علي قلي خان رئيس ISI هر دو پشتون بودند )

صد ها افسر افغاني الاصل را كه پس از كودتاي 1992 شهنواز تني در كابل ، به پاكستان آمده بودند ، ISI براي كمك به طالبان ، به افغانستان فرستاد . همچنين حكمتيار طي مصاحبه اي مدعي شد كه 1600 نفر افسر كمونيست در قالب جريان طالبان توسط ISI وارد افغانستان شده اند .

اردوگاههاي آموزش نظامي در سپين بولدك و قندهار ، طلبه هاي جواني را كه از پاكستان وارد افغانستان ميشدند را آموزش نظامي ميداد . همچنين ISI با كمك به طالبان ، نقش موثري در تصرف جلال آباد و كابل به دست طالبان ايفا نمود و در مقطعي كه طالبان ، شكستهاي پي در پي را متحمل شد و مجبور به عقب نشيني از پايگاه هوايي شدند ، دلارام گرديده و تا نزديكي قندهار عقب نشسته و مي رفت تا كار طالبان به پايان برسد .

باز ISI  بود كه نقش برجسته اي در جلوگيري از شكست كامل و اضمحلال طالبان ايفا نمود و اين كه ISI  با دخالت قاطع و سريع خود و حمايت لجستيكي و نظامي مانع ادامه عقب نشينيهاي طالبان گرديد ، مورد تاييد بسياري از تحليل گران خارجي مسائل افغانستان است !

در همين مقطع بود كه ژنرال دوستم بنا به درخواست پاكستان به حمايت طالبان آمد و هواپيماهاي ميگ 21 طالبان را تعمير نمود .  همچنين ميدان هوايي هرات توسط نيروهاي هوايي ژنرال دوستم بمباران شد و اصولا اينكه سقوط كابل در 26 سپتامبر 1996 بدون حمايت و پشتيباني ISI و ارتش پاكستان امكان پذير نبود ، واقعيتي است كه همگان به آن اذعان نموده اند.